Nhiều nhà nghiên cứu ban đầu nghĩ rằng sự hoán đổi axit amin là thứ giúp con người nói được. Lời nói sẽ giúp con người vượt lên trước sự cạnh tranh từ người Neanderthal và các loài Hominids cổ đại khác. Quan điểm này đã giúp FOXP2 trở thành một ví dụ trong sách giáo khoa về quá trình quét chọn lọc. 

Lý thuyết “quét chọn lọc FOXP2” lần đầu tiên gặp rắc rối vào năm 2008 khi các nhà nghiên cứu phát hiện ra rằng người Neanderthal cũng có hai điều chỉnh axit amin như trên gen FOXP2 của loài người. Điều đó có nghĩa là hai đột biến này đã xảy ra ít nhất 700.000 năm trước, trước khi con người và người Neanderthal trở thành các nhánh riêng biệt của cây phả hệ Hominid. Sau đó, vào năm 2009, một số thành viên của nhóm năm 2002 ban đầu báo cáo về quá trình quét chọn lọc đã đưa ra bằng chứng mới cho thấy sự thay đổi hai axit amin sau cùng không phải là thứ dẫn đến sự nổi bật về mặt tiến hóa. 

Năm 2018, nhà di truyền học về dân số và tiến hóa Elizabeth Atkinson của Bệnh viện Đa khoa Massachusetts ở Boston cùng các cộng sự đã mở rộng nghiên cứu năm 2002 khi tiến hành phân tích lại gen FOXP2 trong hàng trăm bộ gen thu thập trên toàn cầu - số lượng mẫu cao hơn nghiên cứu cũ hàng trăm lần (lượng mẫu trong nghiên cứu cũ là 20 cá thể). Kết quả đăng trên tạp chí Cell cho thấy: họ không tìm thấy bằng chứng nào về “quá trình quét chọn lọc” diễn ra gần đây tại gen FOXP2, khi kiểm tra gen của người châu Phi riêng biệt với người châu Âu và châu Á. “Kết quả này phản ánh những gì đã xảy ra trong lịch sử loài người” nhà cổ sinh vật học Johannes Krause thuộc Viện Max Planck giải thích. “Khi con người di cư ra khỏi châu Phi, một số phiên bản gen nhất định đã được mang theo người di cư trong khi các dạng khác bị bỏ lại ở châu Phi. Phiên bản FOXP2 để lại cho người di cư trở nên phổ biến hơn khi dân số di cư tăng lên. Nhóm của Atkinson đã xác định tín hiệu thống kê đến từ sự gia tăng dân số, thay vì quá trình quét chọn lọc, bằng cách