Cuộc xâm lược của Đức vào Ba Lan vào tháng 9/1939 báo trước một giai đoạn mới báo hiệu sự đàn áp người Do Thái ngày càng leo thang. Chiến tranh đã khiến cho việc di cư trở nên khó khăn. Việc Ba Lan bị chiếm đóng đồng nghĩa với việc 1,7 triệu người Do Thái Ba Lan cũng nằm dưới sự cai trị của người Đức. Trong những tháng đầu tiên chiếm đóng Ba Lan, quân Đức đã hành quyết hàng nghìn công dân Do Thái. Người Do Thái bị lao động cưỡng bức, bị bỏ đói và không được chăm sóc y tế. 

Tháng 6/1941, khi Đức xâm lược Liên Xô, Hitler đã tuyên bố một cuộc chiến hủy diệt kẻ thù ý thức hệ của nước Đức: chế độ cộng sản. Bộ chỉ huy quân đội Đức được thông báo rằng tội ác chiến tranh sẽ không bị trừng phạt và họ được phép hành quyết tất cả các nghi phạm mà không cần xét xử. Các đội hành quyết di động được gọi là Einsatzgruppen, gồm quân đội Đức Quốc xã và các cộng tác viên địa phương, được giao nhiệm vụ giết các quan