nhiều hơn việc đánh bắt quá mức. Cần phải hiểu rằng 70% trầm tích trong hồ Tonle Sap đến từ dòng chính sông Mekong. Vì các đập thủy điện ngăn chặn trầm tích đến các dòng sông ở hạ nguồn, điều đó khiến cho việc duy trì kết nối sông giữa dòng chính sông Mekong với bãi bồi Tonle Sap cực kỳ khó khăn. Việc thiếu trầm tích không chỉ làm giảm sự phát triển của thực vật trong hệ thống sông Mekong mà còn làm giảm tỷ lệ sống sót của trứng cá chuyển đến hồ theo dòng chính. Lượng trầm tích cao làm tăng sức nổi của nước sông và giúp trứng nổi, ngược lại, không có trầm tích, trứng và các sinh vật nhỏ khác trong nước sông sẽ chìm xuống đáy và chết. Các đập trên Thượng Mekong ở Trung Quốc ước tính giữ lại ít nhất 50% lượng trầm tích của sông này. Những ngọn núi ở vùng Vân Nam và Tây Tạng về mặt địa chất cũng giàu khoáng sản nhưng không có con đập nào ở thượng Mekong trên đất Trung Quốc phù hợp với cơ chế xả trôi trầm tích, vì vậy phần lớn trầm tích đó đã bị loại bỏ khỏi hệ thống sông Mekong. Các con đập đã được xây ở hạ Mekong như hạ Sesan 2 và Xayaburi (Campuchia) cũng có tác động liên tục lên dòng trầm tích ở sông Mekong. Đập Xayaburi được lắp các cửa xả trầm tích hiện đại nhưng các chuyên gia ước tính các cửa đó cần phải mở phần lớn thời gian trong mùa mưa giúp lượng trầm tích đi qua lớn như dòng trầm tích tự nhiên. Tuy nhiên việc mở các cửa xả trầm tích sẽ làm giảm lượng nước qua các tua-bin đập, mở càng lâu điện do đập sản xuất càng ít vì thế các cơ quan vận hành không muốn mở các cổng này. Càng xây thêm đập, vấn đề này càng thêm rắc rối và đập càng gần hồ Tonle Sap, tác động tổng thể càng tệ hại. 

Nhưng các đập thủy điện không chỉ làm thay đổi sản lượng cá trong hồ Tonle Sap, ở phía cuối hạ nguồn sông Mekong, đồng bằng sông Cửu Long của Việt Nam cũng bị ảnh hưởng nặng nề. Năm 2017, Ủy ban Sông Mekong xác định tổn thất hàng năm do lũ lụt ở đồng bằng này từ 60 đến 70 triệu đô la và lợi ích từ lũ lụt