Theo truyền thống, các nền văn minh sơ khai được xếp hạng theo mức độ quan trọng của mức độ tinh vi trong việc phát triển và sử dụng chữ viết, nông nghiệp, đô thị hóa, kiến trúc và thương mại. Với tất cả những thước đo này, nền văn minh Harappa phải được xếp hạng là một trong những nền văn minh tiên tiến nhất. Tuy nhiên vào giữa năm 1900 đến năm 1500 TCN, các thành phố ở Thung lũng Indus dần bị bỏ hoang, chữ viết Indus không còn được sử dụng và nhiều yếu tố đặc trưng cho văn hóa vật chất Harappa trưởng thành dần biến mất. 

Sự suy tàn của nền văn minh Thung lũng Indus đến nay vẫn là một bí ẩn lớn nhất của thế giới cổ đại và đến nay vẫn là chủ đề được nhiều nhà sử học và khoa học giải mã. Nhiều nhà sử học ngày nay thường đồng ý rằng sự suy tàn của nền văn minh Indus có lẽ không phải do một sự kiện kịch tính nào đó gây ra mà là sự kết hợp các điều kiện tự nhiên và việc sử dụng quá mức các nguồn tài nguyên thiên nhiên. Trong một nghiên cứu công bố năm 1986, nhà nghiên cứu Shereen Ratnagar thuộc Đại học Jawaharlal Nehru nhận định rằng nhu cầu về nước của các khu định cư Harappa bị điều hòa bởi sự biến động của sông Indus. Do lượng mưa thất thường và nguồn nước chính của khu vực bị cạn kiệt, cư dân Harappa vì thế buộc phải tồn tại bằng thủy lợi và chính công cụ tưới tiêu này có thể đã trở thành nguyên nhân dẫn đến sự tàn lụi của nền văn minh này. 

Ratnagar cho rằng không giống như sông Nile và sông Euphrates, những con sông đã thúc đẩy sự phát triển của các nền văn minh cổ đại khác, sông Indus là một con sông không thể đoán trước và có sức hủy diệt lớn. Trong khi lưu lượng hàng năm của sông Nile là 83 tỷ mét khối và sông Euphrates là 24-30 tỷ mét khối, thì sông Indus thải ra 207 tỷ mét khối nước nhưng với lưu lượng rất khác nhau. Lượng xả thấp nhất của con sông là 20.000 cusec (566,3m3 /s) vào tháng 3 và đạt đỉnh vào tháng 8 là 400.000 cusec (11.326,8m3 /s). Trong thời kỳ gió mùa, một lượng lớn nước