Năm Giáp Tuất (1274), vào năm 16 tuổi, Trần Nhân Tông được vua cha sắc phong làm Hoàng thái tử, có ý định truyền ngôi nhưng Trần Nhân Tông từ chối, muốn nhường ngôi cho em mình là Đức Việp nhưng không được vua cha chấp nhận. Cũng trong năm này, theo ý Thánh Tông, Trần Nhân Tông lấy con gái trưởng của Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn làm vợ nhưng lòng ông thì rất nhạt nhẽo chuyện vợ chồng. Thánh đăng ngữ lục - tập sách thuật lại hành trạng của năm vị vua đời Trần - ghi lại phản ứng của Trần Nhân Tông khi vua cha đề nghị truyền ngôi và cưới vợ. “Một đêm vào giờ Tý, vua bèn vượt thành mà đi, tìm vào núi Yên Tử. Đến chùa Tháp núi Đông Cửu thì trời đã sáng mà mình lại rất mệt, bèn vào nghỉ trong tháp. Vị sư chùa thấy diện mạo vua khác thường, bèn đem thức ăn dâng vua”. Việc Thái tử trốn khỏi hoàng thành để tìm đường xuất gia khiến cả hoàng gia lo lắng và đổ đi tìm kiếm. “Hoàng hậu đem tâu hết cho Thánh Tông nghe. Vua ra lệnh cho quần thần tung ra bốn phương tìm kiếm. Thái tử bất đắc dĩ tự trở về và lên ngôi. Tuy ở nơi cửu trùng sang trọng mà vẫn tự mình giữ thanh tịnh” - Thánh đăng ngữ lục viết. 

Ngày 22 tháng 10 năm Mậu Dần (1278), ở tuổi 20, Trần Nhân Tông lên ngôi, lấy hiệu là Thiệu Bảo. Tuy ở vị trí đứng đầu đất nước nhưng ông vẫn nuôi dưỡng chí tu hành, thực hiện trường trai đến nỗi thân thể trở nên ốm o, gầy guộc khiến vua Thánh Tông phải than khóc vì lo sự nghiệp nước nhà không biết sẽ đi về đâu. Kể từ ấy, vì thương cha, Trần Nhân Tông mới tập trung lo việc quốc gia đại sự. 

Thời gian trị vì của vua Trần Nhân Tông (1278 - 1293) gắn liền với hai cuộc kháng chiến chống quân Mông - Nguyên xâm lược (1285 - 1288). Đây là những năm tháng rất cam go và ác liệt đòi hỏi Trần Nhân Tông - vị tổng chỉ huy cuộc kháng chiến phải vừa sắc sảo vừa linh hoạt trong việc xử lý rất nhiều tình huống phức tạp trước, trong và sau cuộc chiến. Những bức thư, tấu, trạng